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标准氨基酸列表

发布日期：2024/12/4 13:48:00

这个标准的蛋白氨基酸列表详细说明了活细胞在蛋白质中使用的20种标准氨基酸的化学结构和性质。

内容

1.结构
2.化学性质
2.1.一般化学性质
2.2.侧链性质
2.3.基因表达和生物化学

 

1.结构

 

L-Alanine
(Ala/A)

L-Arginine
(Arg/R)

L-Asparagine
(Asn/N)

L-Aspartic acid
(Asp/D)

L-Cysteine
(Cys/C)

L-Glutamic acid
(Glu/E)

L-Glutamine
(Gln/Q)

Glycine
(Gly/G)

L-Histidine
(His/H)

L-Isoleucine
(Ile/I)

L-Leucine
(Leu/L)

L-Lysine
(Lys/K)

L-Methionine
(Met/M)

L-Phenylalanine
(Phe/F)

L-Proline
(Pro/P)

L-Serine
(Ser/S)

L-Threonine
(Thr/T)

L-Tryptophan
(Trp/W)

L-Tyrosine
(Tyr/Y)

L-Cysteine
(Cys/C)

20种氨基酸的结构和符号
由标准遗传密码编码蛋白质合成。

 

 

2.化学性质

 

下表列出了单字母符号、三字母符号和标准氨基酸侧链的化学性质。列出的质量是基于元素同位素在其自然丰度下的加权平均值。请注意，形成肽键会消除一个水分子，因此蛋白质链中氨基酸单位的质量减少了18.01524 Da。未确定氨基酸的单字母符号是x。三字母符号Asx或单字母符号B表示氨基酸是天冬酰胺或天冬氨酸；Glx或Z表示谷氨酸或谷氨酰胺；Xle或J表示亮氨酸或异亮氨酸。IUPAC/IUBMB现在也推荐Sec或U指硒代半胱氨酸，Pyl或O指吡咯赖氨酸。

2.1.一般化学性质

 

Acid

Abbrev.

Mass (Da)

pI

pK1 (α-COOH)

pK2 (α-+NH3)

Alanine

A

Ala

89.09404

6.01

2.35

9.87

Cysteine

C

Cys

121.15404

5.05

1.92

10.70

Aspartic acid

D

Asp

133.10384

2.85

1.99

9.90

Glutamic acid

E

Glu

147.13074

3.15

2.10

9.47

Phenylalanine

F

Phe

165.19184

5.49

2.20

9.31

Glycine

G

Gly

75.06714

6.06

2.35

9.78

Histidine

H

His

155.15634

7.60

1.80

9.33

Isoleucine

I

Ile

131.17464

6.05

2.32

9.76

Lysine

K

Lys

146.18934

9.60

2.16

9.06

Leucine

L

Leu

131.17464

6.01

2.33

9.74

Methionine

M

Met

149.20784

5.74

2.13

9.28

Asparagine

N

Asn

132.11904

5.41

2.14

8.72

Proline

P

Pro

115.13194

6.30

1.95

10.64

Glutamine

Q

Gln

146.14594

5.65

2.17

9.13

Arginine

R

Arg

174.20274

10.76

1.82

8.99

Serine

S

Ser

105.09344

5.68

2.19

9.21

Threonine

T

Thr

119.12034

5.60

2.09

9.10

Selenocysteine

U

Sec

169.06

 

 

 

Valine

V

Val

117.14784

6.00

2.39

9.74

Tryptophan

W

Trp

204.22844

5.89

2.46

9.41

Tyrosine

Y

Tyr

181.19124

5.64

2.20

9.21

 

2.2.侧链性质

Acid

Abbrev.

Side chain

Hydro-
phobic

pKr

Polar

Charged

Small

Tiny

Aromatic
or Aliphatic

van der Waals

Alanine

A

Ala

-CH3

X

–

–

–

X

X

–

volume

Cysteine

C

Cys

-CH2SH

X

8.18

–

acidic

X

–

–

67

Aspartic acid

D

Asp

-CH2COOH

–

3.90

X

acidic

X

–

–

86

Glutamic acid

E

Glu

-CH2CH2COOH

–

4.07

X

acidic

–

–

–

91

Phenylalanine

F

Phe

-CH2C6H5

X

–

–

–

–

–

Aromatic

109

Glycine

G

Gly

-H

–

–

–

–

X

X

–

135

Histidine

H

His

-CH2-C3H3N2

–

6.04

X

weak basic

–

–

Aromatic

48

Isoleucine

I

Ile

-CH(CH3)CH2CH3

X

–

–

–

–

–

Aliphatic

118

Lysine

K

Lys

-(CH2)4NH2

–

10.54

X

basic

–

–

–

124

Leucine

L

Leu

-CH2CH(CH3)2

X

–

–

–

–

–

Aliphatic

135

Methionine

M

Met

-CH2CH2SCH3

X

–

–

–

–

–

–

124

Asparagine

N

Asn

-CH2CONH2

–

–

X

–

X

–

–

124

Proline

P

Pro

-CH2CH2CH2-

X

–

–

–

X

–

–

96

Glutamine

Q

Gln

-CH2CH2CONH2

–

–

X

–

–

–

–

90

Arginine

R

Arg

-(CH2)3NH-C(NH)NH2

–

12.48

X

basic

–

–

–

114

Serine

S

Ser

-CH2OH

–

–

X

–

X

X

–

148

Threonine

T

Thr

-CH(OH)CH3

–

–

X

weak acidic

X

–

–

73

Selenocysteine

U

Sec

-CH2SeH

X

5.73

–

–

X

–

–

93

Valine

V

Val

-CH(CH3)2

X

–

–

–

X

–

Aliphatic

 

Tryptophan

W

Trp

-CH2C8H6N

X

–

–

–

–

–

Aromatic

105

Tyrosine

Y

Tyr

-CH2-C6H4OH

X

 

X

–

–

–

Aromatic

163

 

 

 

注意:当氨基酸在蛋白质内部时，氨基酸的pKa值通常略有不同。在这种情况下，蛋白质pKa计算有时用于计算氨基酸pKa值的变化。

2.3.基因表达和生物化学

Amino Acid

Abbrev.

Codon (s)

Occurrence in proteins (%)

Essential in humans

Alanine

A

Ala

GCU, GCC, GCA, GCG

7.8

–

Cysteine

C

Cys

UGU, UGC

1.9

–

Aspartic acid

D

Asp

GAU, GAC

5.3

–

Glutamate

E

Glu

GAA, GAG

6.3

–

Phenylalanine

F

Phe

UUU, UUC

3.9

X

Glycine

G

Gly

GGU, GGC, GGA, GGG

7.2

–

Histidine

H

His

CAU, CAC

2.3

–

Isoleucine

I

Ile

AUU, AUC, AUA

5.3

X

Lysine

K

Lys

AAA, AAG

5.9

X

Leucine

L

Leu

UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG

9.1

X

Methionine

M

Met

AUG

2.3

X

Asparagine

N

Asn

AAU, AAC

4.3

–

Proline

P

Pro

CCU, CCC, CCA, CCG

5.2

–

Glutamine

Q

Gln

CAA, CAG

4.2

–

Arginine

R

Arg

CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG

5.1

–

Serine

S

Ser

UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC

6.8

–

Threonine

T

Thr

ACU, ACC, ACA, ACG

5.9

X

Selenocysteine

U

Sec

UGA

 

–

Valine

V

Val

GUU, GUC, GUA, GUG

6.6

X

Tryptophan

W

Trp

UGG

1.4

X

Tyrosine

Y

Tyr

UAU, UAC

3.2

–

Stop codon

–

Term

UAA, UAG, UGA

–

–

注意:终止密码子不是一种氨基酸，但为了完整起见包括在内。

 

 

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